「國家生技醫療品質獎」及「SNQ國家品質標章」由國家生技醫療產業策進會主辦，此獎項涵括安全（Safety）及品質（Quality）的意涵，透過檢視客觀的醫療指標，從病人身上實證服務成果，以評核其醫療品質並選拔具世界級品質的團隊。「2016國家生技醫療品質獎聯合頒獎典禮」於2016年12月23日舉辦，本院獲得多項肯定，獲獎項目如下表。
表：本院獲獎獎項、項目及團隊一覽表
獲獎項目及獲獎團隊
2016國家生技醫療品質獎銅獎
2016國家品質標章
> 缺油！缺水！正確診斷、安全有效治療乾眼症-亞東眼科乾眼症中心
2016國家品質標章
> 以兒童為本，從家出發的整合性評估及療育-兒童發展中心
> 「Health健康+」最有效益的雲端血壓管理服務-社區健康發展中心
> 發展照護愛相隨-作早產兒的守護者-兒童及新生兒加護病房
> 困難抉擇，圓滿善終，邁向重症照護「心」境界-內科加護病房
2016年國家品質標章續審通過
> 小腸移植照護團隊
> 心臟血管醫學中心全方位照護團隊
> 重建聽的希望─人工耳蝸中心
> 螺旋刀放射治療照護團隊-品質創新追求卓越
> 以團隊活動與創意 擴散正確用藥教育
2016國家生技醫療品質獎銅獎及2016國家品質標章【缺油！缺水！正確診斷、安全有效治療乾眼症-亞東眼科乾眼症中心】
獲獎團隊：眼科部乾眼症中心
乾眼症是眼科門診最常見的疾病之一，由於台灣乾眼症患者年齡不斷下修，本院眼科乾眼症中心積極投入臨床研究，在研發方面與相關單位合作開發乾眼症紅外線熱像輔助診斷系統，對於診斷可有客觀依據並據以治療，極具有創新性。乾眼症治療長期以來僅使用人工淚液，多數病人僅得到症狀緩解而無法有效的根本治療，本院採用多種圖像及功能檢查，利用視覺呈現方式，有效強化病人對自身病情認知並提高治療配合度，間接提升治療成功率。團隊成員透過記錄不完全眨眼比率及強化物理治療執行率，如協助病人進行熱敷與眨眼訓練的衛教及復健治療來增加治療成效。因此，本中心在乾眼症防治領域的診斷、研發及臨床驗證能力，實為一個亞洲具規模的專業團隊，獲頒2016年度「國家生技醫療品質獎」銅獎殊榮。
2016國家品質標章【以兒童為本，從家出發的整合性評估及療育】
獲獎團隊：兒童發展中心
本院兒童發展中心強調「以兒童為本，從家出發」，提供身心全方位照護，運用友善醫療空間搭配跨團隊整合服務提供門診評估及療育，縮短兒童等待評估時間及家長到院次數，並提早介入極低體重早產兒追蹤評估，與個案家屬保持密切關係，其中在12及24個月早產兒追蹤評估時更整合各專業團隊，強調早期發現，早期治療，提供全國最完善的追蹤照護。此外，本中心有完整的家庭功能評估、整合性團隊服務以及早療家族團體(提供教具租借服務、親職教育、家長諮商及相關資源說明)。本中心目前為全台完整聯合評估量居冠的兒童發展聯合評估中心，並支援新北市偏鄉地區的「到宅療育服務」(為全台最早從事到宅療育的醫院)，在善盡醫療與社會責任的期許下，給予兒童全方面的照護。
2016國家品質標章【『Health健康+』最有效益的雲端血壓管理服務】
獲獎團隊：社區健康發展中心
在「醫療院所類/醫院社區服務組」，亞東醫院以「『Health健康+』最有效益的雲端血壓管理服務通過「2016 SNQ國家品質標章」大會評審委員會評審。『Health健康+』導入健康促進活動中並因為有明倫基金會的大力支持，使社區長者的健康促進工作推展上無後顧之憂，不論是長者供餐、健康講座等，藉由幫民眾監測血壓，宣導高血壓對健康的影響，傳達自己健康自己照顧的概念，協助民眾自我健康管理，會員數累積超過18,808人。分析會員數據發現：14.5%的會員加入服務後才有高血壓診斷；服務使用者血壓下降0.98~1.48 mmHg；APP設定家人追蹤，血壓控制達標率從68.3%增加到76.1%；會員加入服務後，高血壓用藥每日平均藥物費用由11.7元/日減少為6.1元/日。
2016國家品質標章【發展照護愛相隨~作早產兒的守護者】
獲獎團隊：兒童及新生兒加護病房
為提升早產兒照護品質，本院兒童及新生兒加護病房、嬰兒病房之早產兒發展性照護團隊除以Als博士的發展統合理論為基礎，將照護概念分為安全環境、品質照護、全家教育及全人關懷等四構面，各構面強調特色與創新，包括：「罩得住保溫箱-光線一把罩」讓早產兒在接受或停止光療時可用一罩兩用的保溫箱罩方便做出調整、「早產兒的起家厝-為早產兒築一個溫暖的巢」針對體重不同的早產兒提供半巢及全巢照護、「袋鼠衣-袋著寶貝袋著愛」方便母乳哺餵早產兒、「一〝鐵〞見效-母乳衛教磁鐵片」讓產婦熟練母乳哺餵知能…等。經照護團隊的努力讓早產兒免疫力增加、感染率降低，成效卓越。
2016國家品質標章【困難抉擇，圓滿善終，邁向重症照護『心』境界】
獲獎團隊：內科加護病房
本團隊有鑒於重症末期病人日益增加，深感提供重症安寧療護也是重要職責之一，以關懷為出發點，在專業照護下，讓病人有尊嚴走完人生最後的路程，做到生死兩相安的善終。近年來本團隊致力於重症安寧療護，為能提供完整的臨終服務，於2010年成立護理專案進行改善，過程中持續落實及不斷精進，於2015年再針對執行臨終關懷之完整性，成立專案小組，納入禮儀師、社工師參與合作，並提供四全之照護策略。更針對重症末期病人召開家庭緩和會議，鼓勵家屬諮詢參與討論，且為減輕病人痛苦及減少無效醫療，於2013年-2015年不施行心肺復甦術同意書的簽署率為17.84%，在重症之安寧療護推動過程中深獲家屬多方的肯定與支持。