亞東醫院小兒外科成立於2004年3月，是新北市第一個有小兒外科專科且是最堅強的小兒外科團隊。團隊現有四位主治醫師及一位專科護理師，資深主治醫師有超過20年的經歷。有專任主治醫師24小時服務，能提供未滿十八歲之小孩各類外科疑難雜症的評估、治療與照顧。目前從週一至週六皆有門診服務，除了一般小兒外科疾病，更提供全年無休的小兒外科急重症及腹腔鏡微創手術。

本院有專屬的兒童病房，新生兒病房及小兒加護病房，有小兒科及小兒外科醫護團隊共同提供兒童病患更專業及完整的照顧。自成立以來已先後完成困難度較高的先天異常手術，如腹裂、模膈疝氣、食道閉鎖等，提供早產兒及新生兒先天疾病術後全面的照顧，術後病人都恢復良好。

另外提供多種常見小兒疾病的門診手術服務，包括小兒腹股溝疝氣、陰囊水腫、睪丸未降、包皮發炎、肛門膿瘍及肛門廔管等，忙碌的家屬只需要請半天假陪同，小兒術後回家也可盡早恢復正常作息。亞東醫院小兒腹腔鏡微創手術技術成熟，小孩經歷複雜的手術之後，也只留下小傷口，大大減少術後的疼痛及住院天數。

本科亦擔負另一重症：「小腸衰竭」的照護，不但提供短腸症及小腸衰竭患者居家全靜脈營養照顧，更是全台灣獨一及亞洲完成最多病例數的小腸移植中心，進而大幅地提昇小腸衰竭患者的生活品質，可讓短腸症及小腸功能喪失的病人獲得新生。