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1970、80年代，遠東集團創辦人徐有庠先生鑑於台北縣板橋、土城一帶，工廠林立、人口密集，卻沒有任何一家大型現代化醫院，每有重大傷患或急症病人，均須轉送台北巿，卻因路途遙遠，延誤就醫之憾事時有所聞。徐創辦人因之秉持「取諸社會，用諸社會」理念，捐款成立徐元智先生醫藥基金會，以自建醫院、急診援助、貧病義診，及獎勵醫藥研究為宗旨，於1981年4月1日在板橋創設亞東紀念醫院，初期以150張病床開張服務。1983年本院經教育部評鑑為準二級教學醫院，1985年獲評為二級教學醫院，1988年評為區域醫院，1991～1997年成為區域醫院暨教學醫院，2000～2003年獲評為區域醫院暨乙類教學醫院。
1999年本院與台大醫院策略聯盟，由朱樹勳教授出任院長，同年主管營確立邁向醫學中心之願景，2006年順利通過衛生署評定成為臺北縣第一家醫學中心。2009年修改確認「成為民眾首選的醫學中心」的新願景，充分落實基金會設立之宗旨。
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本院現設有心臟醫學中心、內科、外科、婦產部、小兒部及其他醫療專科合計44科；醫事單位計有臨床病理科、組織病理科、影像醫學科、核子醫學科、護理部、藥劑部及營養科，均能有效提供完善的醫療服務。在設備方面，近年來陸續引進最新的儀器，如國內首部全球最新型雙射源電腦斷層掃瞄儀(Dual Source CT)、導航螺旋刀(Tomo Therapy)、準分子雷射儀等，輔助提升診斷及治療效果。現有建物樓地板面積67,206 平方公尺，總病床數1084床，每日門診服務量超過5,000人次、每日急診服務量近400人次，已是全國第二大量，佔床率亦維持在85%以上，可說是以最完備的醫療團隊及最先進的醫療設備，為大台北地區的居民，提供最優質的醫療服務。
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2006年通過甲類教學醫院評鑑，除配合本院核心專長規劃完備的訓練課程，並發展以「人」為中心的全人醫學教育，近年來配合醫策會，推動一般醫學教育、教學門診計劃及實證醫學教學等課程，並成立教師培育中心，進行各項師資培育課程，提昇臨床教學訓練品質，作育醫學人才。目前本院為各類專科訓練醫院，每年均派遺醫護人員至國內外進修，研習最新醫療技術，2004～2008年出國進修人員共有104名，期許本院的醫療品質與世界接軌。
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為建制優質學術研究環境，本院目前已先後完成2個共同研究室、1個動物實驗室及24小時e化服務的電子圖書館，研究經費除了由「徐元智先生醫藥基金會」支助外，院內亦提撥學術研究經費供主治醫師進行臨床與基礎相關研究。在醫學研究論文發表方面，2006～2008年本院平均全年達117篇（SCI論文佔 65%），在國內外知名雜誌期刊上發表的論文數量逐年增加，專任主治醫師 5年內(2004~2008)論文發表率79.6%，更與元智大學、亞東技術學院等學術機構，建立完善的建教及產學合作計劃，持續發展醫學研究，提升醫療專業及品質。
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設有企劃處、稽核處、秘書處、資訊處、人資處、會計處、醫事處、總務處、材物處、工務處、品管中心、健康管理中心、社區健康中心、社工室、勞安室及醫工室等管理部門，分層負責各項業務的推展。近年來，本院在品管圈推行、專案改善、標準作業流程制定、ISO9001品質系統導入及內化、引用平衡計分卡建立以願景為基礎的管理模式及醫療資訊化方面，均有良好的管理成效，更將運用資訊及網路的效能，結合各項數據以及品質監控的指標，持續改善品質，提高病人滿意度，朝著民眾就醫首選的醫學中心願景邁進。
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積極進行第二院區擴建計劃，並預備與元智大學及亞東技術學院共同籌設醫學院，以培養優秀的醫療人才。期許在不久的將來，能以最新穎的建築、最貼心的服務，帶給大台北地區民眾最好的醫療照護。
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| 標誌圖 |
標誌構成 |
標誌含意 |
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健康服務事業 |
以永續的濟世情懷 |
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群體眾志成 |
結合忠誠的工作伙伴 |
| 綠色 |
生命的喜悅欣欣向榮 |
秉持誠勤樸慎的工作態度 |
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全方位的關懷 |
完成全民保健的神聖使命 |
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