亞東醫院小兒部自1981年5月亞東醫院成立後，即開始之相關業務醫療，同時設立新生兒加護病房，提供板橋及土城地區高危險群新生兒及早產兒醫療服務迄今，為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。
兒科初期以一般門診為主，逐漸成立各次專科診療，目前共有13個次專科，各次專科皆有一位或以上之專任主治醫師提供服務，自從2019年小兒血液腫瘤科余廷彥醫師到職後，本部開始建立兒童癌症相關業務治療，2020年1月份起開始診治兒童癌症病人，於兒童隔離病房進行化學治療，未來的目標是希望收治更多小兒血液腫瘤相關疾病病人，讓新北在地病人不再舟車勞頓跨區就醫，可安心於本院接受全面性的癌症治療照護，我們持續修訂治療準則並引進最新治療方式，提升癌症病人照護品質，發展兒童癌症安寧照護以及造血幹細胞移植的治療照護。2021年7月，腎臟科歐子瑄醫師到任，本部之後可施行嬰幼兒連續血液透析，讓本部在急重症照護上能為兒童提供更全面的服務。
目前小兒部轄下次專科設有小兒神經科、過敏免疫風濕科、小兒肝膽胃腸、新生兒科、小兒心臟、小兒遺傳內分泌、小兒感染、小兒血液腫瘤、小兒腎臟、小兒急診醫學科，病房設置嬰兒室25床及一般兒科病床55床，兒童暨新生兒加護病房12床、中重度嬰兒病房24床。
小兒感染科診療範圍包含各類小兒疾病、不明熱、腦炎、腦膜炎、肺炎、細支氣管炎、中耳炎、骨髓炎、關節炎、軟組織感染、腸胃炎、泌尿道染症及各類病毒、細菌、黴菌等各類感染症。而適逢衛福部開始規劃肺結核十年減半計畫，其中最重要和新的措施就是潛伏結核感染的診斷與治療，全球人口約有四分之一有潛伏結核感染，但過去因為中低收入國家仍然有非常多結核病人未接受治療，世界衛生組織只建議對結核病患的未滿5歲接觸者以及愛滋感染者，進行 LTBI 治療，而台灣一開始就以兒童為主，而開始這個計畫。這幾年的依計畫規劃下，台灣已慢慢接近美英的發生率，而這潛伏結核感染的診斷與治療計畫也推廣至成人的診斷與治療，而這些都是依照兒童治療的經驗，目前小兒感染科依舊配合生局和衛福部的規劃，持續此一計畫，期許台灣肺結核的發生率能低於歐美。展望未來，除了提升目前的臨床醫療服務外，亦將加強與北部醫學中心交流，並希望能促進與院內或院外研究單位合作，提升研究水準，使本科成為醫療、教學、研究均屬一流的小兒感染專科，並成為小兒感染專科的訓練醫院與重鎮。