亞東醫院小兒部自1981年5月亞東醫院成立後，即開始之相關業務醫療，同時設立新生兒加護病房，提供板橋及土城地區高危險群新生兒及早產兒醫療服務迄今，為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。
兒科初期以一般門診為主，逐漸成立各次專科診療，目前共有13個次專科，各次專科皆有一位或以上之專任主治醫師提供服務，自從2019年小兒血液腫瘤科余廷彥醫師到職後，本部開始建立兒童癌症相關業務治療，2020年1月份起開始診治兒童癌症病人，於兒童隔離病房進行化學治療，未來的目標是希望收治更多小兒血液腫瘤相關疾病病人，讓新北在地病人不再舟車勞頓跨區就醫，可安心於本院接受全面性的癌症治療照護，我們持續修訂治療準則並引進最新治療方式，提升癌症病人照護品質，發展兒童癌症安寧照護以及造血幹細胞移植的治療照護。2021年7月，腎臟科歐子瑄醫師到任，本部之後可施行嬰幼兒連續血液透析，讓本部在急重症照護上能為兒童提供更全面的服務。
目前小兒部轄下次專科設有小兒神經科、過敏免疫風濕科、小兒肝膽胃腸、新生兒科、小兒心臟、小兒遺傳內分泌、小兒感染、小兒血液腫瘤、小兒腎臟、小兒急診醫學科，病房設置嬰兒室25床及一般兒科病床55床，兒童暨新生兒加護病房12床、中重度嬰兒病房24床。
很多人以為過敏科醫師專治過敏氣喘，其實我們次專科包含三部分：「過敏(Allergy)」、「免疫不全(Immunodeficiency)」以及「風濕疾病(Rheumatology)」，可謂名符其實的AIR (空氣)醫師，足見我們的重要性!本科目前的人力配置為一位專任主治醫師陳家駿與兩位兼任主治醫師張祐豪與陳盈君，以及一位專責門診衛教師。
有鑒於近十多年來，小兒過敏免疫風濕的病童人數日益增加，其中「過敏」已成為台灣兒童最常見的慢性疾病，不僅會造成兒童身體不適、也會影響其成長、學習、運動、情緒與睡眠品質，此外，這類疾病往往需要家長們長期配合照護，大大增加家長的壓力與焦慮，而這些焦慮與心聲，我們都聽見了！本科團隊的使命就是守護每一位兒童的健康！
首先，本科最大的特色是十年如一日的「氣喘衛教諮詢專線」，讓病童與家屬就醫返家後，仍有不間斷的衛教指導，增進病童與家屬對氣喘照護的正確認知與重視，使氣喘病症能獲得有效的控制。而在2016年建置的「數位化互動衛教設備」，則是在醫院候診區架設觸控式螢幕，一方面讓小朋友得以透過電腦遊戲另類學習，另一方面也讓家長安心接受衛教資訊，希望藉由兒童友善醫療措施，降低兒童身處醫院時的排斥與恐懼感，同時增加衛教的有趣性！更值得一提的是，本科於2018年陸續設立「小兒氣喘照護網站」與「Line通訊群組」，對於此次疫情的遠距衛教以及醫院就診管制措施的即時推播，發揮了即時的效果。多年來，本科團隊在疾病的預防、治療與衛教方面，一直不遺餘力，期待透過早期診斷、有效治療與長期追蹤，努力守護台灣未來主人翁的全人健康，能夠成為孩子與家長們最放心的臂膀!