直腸肛門異常術後初期照顧者必須學會使用肛門擴肛棒, 早晚擴肛避免肛門狹窄。 擴肛棒由醫院提供, 每兩個星期回診更換擴肛棒的大小, 直到肛門疤痕柔軟。 一般需要使用三個月, 高位無肛症則可能需使用半年。
家庭照顧在直腸肛門異常的小朋友佔極重要的地位。 肛門重建術後小朋友常有程度不等的排便障礙，因此父母或主要照顧者必須學會記錄及觀察小朋友的排便及飲食情況。部分小朋友在肛門重建及關閉造?口後會出現水瀉的情形，特別是哺乳母奶，當排便次數一多，尿布疹也隨之而來，嚴重者會產生皮膚潰爛。尿布疹的藥膏必須在皮膚尚未損傷前先給予預防。通常水瀉會隨著時間或在開始吃副食品後改善。
家長必須學會去記錄排便的時間及觀察大便的性狀。目標是每天至少一次的排便, 但如果每次排便沒有將大便解乾淨，儘管每天都有排便，久而久之還是會形成便秘。便秘是術後最大的敵人。如果因為長期便秘使得大腸擴張，之後的處理會更加困難，所以避免便秘是重建後最重要的功課。
調整飲食及藥物劑量避免便秘非常重要。術後的小朋友沒有太多的飲食限制。照顧者主要學習觀察哪些食物對小朋友是利便的、哪些是便秘的，將來對於飲食調整很有幫助。但飲食產生的效果若不足以完全解決便秘，需要進一步靠軟便藥物或灌腸。
直腸肛門異常術後少數小朋友會產生嚴重便秘或大便失禁(無法自己控制大便的時間和地點), 需要長期且持續的門診追蹤，才能使小朋友有著良好的生活品質。