台灣地區的成年人約有三百萬人是B型肝炎帶原者，佔了15-20%的比例。其中有許多帶原者(約70%)其Ｂ型肝炎病毒已被免疫力大量清除，且無活動性肝炎或肝硬化，是所謂的「健康帶原者」，這些人不需任何藥物治療，然而仍需定期在門診追蹤檢查。但仍有不少人罹患慢性肝炎（即肝功能不正常持續超過六個月），這群人需要有效加以治療，以減少猛爆性肝炎的發生、阻斷肝硬化和肝細胞癌的演變。另外，台灣地區C型肝炎患者約有30萬人。感染C型肝炎之後，約有70-80%的人會變成慢性C型肝炎。這些患者經過20年後，有20-30%的人會演變成肝硬化，其中每年約有1-4%會併發肝癌。因此，C型肝炎病毒可說是僅次於B型肝炎之另一肝臟殺手。
目前慢性B型肝炎治療的藥物進展如下:
干擾素 (INF)
1. 治療劑量及療程: 干擾素5百萬單位每週注射三次，治療4-6個月。長效型干擾素(Peg-IFN a-2a 180mg) 每週注射一次，HBeAg(+)者治療6個月，HBeAg(-)者治療12個月。
2. 療效: 約20-40％可發生e抗原血清轉換、肝功能變正常，即使停藥後仍有超過80％的病人能繼續保持此種狀況。
3. 副作用: 產生像感冒般的症狀(發燒，畏寒，疲倦 ，肌肉酸痛，頭痛，食慾不振)、白血球降低及血小板降低、精神上的副作用(會變得比較焦慮，憂鬱，煩躁，疲倦及容易失眠)、輕微掉頭髮。
干安能 (Lamivudine)
1. 治療劑量及療程: 成人每天口服100毫克，干安能最少需服用一年，治療前HBeAg(+)者，若能成功地使e抗原血清轉換，則需再服用4-6個月才可停藥以減少復發率。至於治療前HBeAg(-)者，則需至少間隔6個月以上HBV DNA以PCR方法均測不到才可停藥。目前健保給付的療程為12-18個月。
2. 療效: 在服用干安能一年以後，大多數患者的血中HBV-DNA會大幅下降，肝發炎情形大有改善，而這些人中有約16%的人會產生e抗原血清轉換。至於療效和治療時間(2年27% ~ 5年50%)及治療前ALT值(ALT≧5X治療一年可達60%)。對於ｅ抗原是陰性(-)，HBV-DNA(+)這類的患者，治療一年反應率約為70%，但90%病患當治療停止時會復發。
3. 干安能治療最大的問題:
病毒突變種的發生：治療期超過六個月，病毒有可能會產生突變抗藥株，至於突變種病毒株發生率，在連續治療一年約為20%，治療三年後則會約為49%，治療五年後則會約有70%的病人會發生抗藥性突變株。不過一般而言，干安能對此類的突變種病毒株仍有部份的藥效。
肝適能 (Adefovir)
1. 治療劑量及療程: 成人每天口服10毫克，經使用肝安能(lamivudine)治療出現抗藥株，且ALT值大於或等於正常值上限2倍者得使用，其給付療程為24個月。
2. 療效: 肝安能抗藥性病患，加上肝適能可使B型肝炎病毒DNA下降3-4個log。
3. 副作用: 腎毒性，尤其是肝代償不全的病人，10毫克治療一年有28%腎性的機會。
貝樂克 (Entecavir)
1. 博路定對B型肝炎病毒有極高的專一性，它對病毒的抑制能力是肝安能的30倍，且對肝安能抗藥性病毒株也有效。
2. 治療劑量及療效: 成人每天口服1毫克，針對肝安能抗藥性病患治療24週後，可使B型肝炎病毒DNA量降到無法偵測的機率為 79%。
慢性C型肝炎之治療準則
A. 何種病人應接受治療?
儘管理論上所有罹患C型肝炎之病人接應接受藥物治療。然而，目前只有部分經評估易進展成肝硬化的高危險群病人，建議接受藥物治療。這些人包括持續肝功能異常(ALT值(或GPT)大於正常上限2倍)，血清中存在有C型肝炎病毒之RNA，肝臟組織切片顯示輕度纖維化(≧F1)及肝炎變化等患者。
B. C型肝炎的治療方式與劑量為何?
(1). 病毒基因型第1型患者：長效型干擾素(PegIFN a-2a 180mg或PegIFN a-2b 1.5 mg/kg，每週1次)，合併較高劑量的ribavirin (每天1000~1200毫克)治療24-48週 (目前健保給付24週)。在治療第12週時，測定血清HCV RNA值，若HCV RNA值與治療前比較下降不到100倍以上時(< 2-log drop)，則建議停止治療。
(2). 病毒基因型第2型或第3型的患者：傳統干擾素(3MU，每週3次)或長效型干擾素合併較低劑量的ribavirin (每天800毫克)治療24週。
C. 治療療效
使用傳統干擾素合併雷巴威林治療六個月後，平均約有40~50%的人血清中測不到C型肝炎病毒。傳統的干擾素需要一星期注射三次，而干擾素經過聚乙烯二醇化的過程製成的長效型干擾素，在人體內的半衰期較長，其有效濃度可以維持較長的時間，所以一星期只要注射一次即可。長效型干擾素合併雷巴威林的效果可以提升到50~60%。
其中，若是病患治療前病毒濃度較低、病毒的基因型為第二型或第三型(效果高達80%以上)、沒有肝硬化或是肝纖維化程度較輕微者，合併治療的療效較佳。