疫苗可簡單歸類為活性減毒疫苗及非活性或死菌疫苗兩類：
1. 活性減毒疫苗：卡介苗、水痘疫苗、麻疹—腮腺炎—德國麻疹疫苗、口服輪狀病毒疫苗、口服沙賓小兒麻痺疫苗。
2. 非活性或死菌疫苗：B型肝炎疫苗、五合一疫苗、流感疫苗、日本腦炎疫苗、A肝疫苗、肺炎鏈球菌疫苗。

　非活性或死菌疫苗的副作用多出現在施打後24至48小時之內，活性減毒疫苗的副作用多出現在施打後一至兩個星期後。若免疫功能不全或是正在使用免疫抑制劑的兒童欲施打活性減毒疫苗，須多加注意且經兒科醫師評估後再施打。

接種原則
1. 一次不打超過兩針，兩個針劑間至少隔一個月以上。
2. 不同的非活性疫苗或非活性疫苗與活性減毒疫苗可同時接種，若兩種都
　是活性減毒疫苗，可同時接種或間隔一個月以上施打。
3. 五合一疫苗不與日本腦炎疫苗一起施打，黃熱病與霍亂疫苗也不可同時施打

疫苗概論
1. 卡介苗
  由於台灣是結核菌盛行地區，雖然卡介苗對於肺結核的防治效果不佳，但仍可預防嚴重的瀰漫性結核菌感染或是中樞神經感染，特別在嬰幼兒時期。由於卡介苗為皮內注射，和其他疫苗相比的注射部位較淺，因此局部的發炎反應較明顯。注射後一個月左右會在注射部位看到紅色疤痕或是小膿皰，此為疫苗反應，無需太過緊張。倘若紅腫範圍過大，或是腋下摸到腫大的淋巴結，請至兒科門診追蹤。此外，若注射一個月後仍無局部反應，則可能為無效施打，也請至門診追蹤。
　
　
2. B型肝炎疫苗與B型肝炎免疫球蛋白
　B型肝炎與肝癌的相關性極高，而B型肝炎疫苗是目前所有疫苗中少數證實對於癌症預防極具效果的。又因為台灣是B型肝炎盛行的地區，因此懷孕婦女在產前即會接受B型肝炎抗原篩檢。倘若母親的表面抗原（s抗原）呈陽性結果，即為B型肝炎帶原者，此時則依e抗原的結果有不同處置。e抗原陽性表示病毒活性較高，嬰兒垂直傳染的機會較高，因此出生24小時內需注射B型肝炎免疫球蛋白來中和病毒，之後依B型肝炎疫苗接種時程施打。倘若B型肝炎帶原的母親血液中的e抗原呈現陰性，仍有少於10％的新生兒可能感染B型肝炎病毒，因此建議自費施打B型肝炎免疫球蛋白。若母親為B型肝炎抗原陰性，則小朋友在出生後若符合施打標準，則會依接種時程施打B型肝炎疫苗。
　
3. 五合一疫苗
　  早期國健局給付為舊型三合一加上口服小兒麻痺疫苗，目前已統一施打五合一疫苗，即除了原本白喉、百日咳與破傷風的三合一疫苗外，另加入B型嗜血桿菌疫苗，而原本口服的小兒麻痺疫苗則改為注射沙克疫苗。相較於舊型三合一疫苗，五合一疫苗的副作用較少，但仍有約十分之一的兒童施打後會有發燒或是注射處局部發炎反應的情形，主要發生在施打後24-48小時之內，因此在這段時間需注意體溫的監測。

4. 水痘疫苗
　此疫苗為活性減毒疫苗，常見副作用多出現在施打後一至兩個星期內。少部分的兒童會有發燒的狀況，或是皮膚可見紅疹甚至小水泡的反應。倘若有皮膚的癥兆，表示仍有少量的病毒作用著，因此建議與家中懷孕婦女或是免疫力較差的人暫行隔離。
　
5. 麻疹—腮腺炎—德國麻疹疫苗 
　此疫苗為活性減毒疫苗，免疫功能不全者或是服用免疫抑制劑的病童不建議施打。疫苗相關副作用出現的時間點約在施打後一至兩個星期內，包含發燒、紅疹、淋巴腺腫大或是輕微關節疼痛的情形。

6. 日本腦炎疫苗
　目前使用的日本腦炎疫苗是由感染的鼠腦組織懸浮液萃取製成的非活性疫苗，在每年三到五月開始施打，共三劑。部分兒童施打後會出現發燒或是局部紅腫的情形，但比例不高。由於含有微量鼠腦成分，理論上可能引發神經病變，但目前並未證實有此關連。目前正在研發新型的日本腦炎疫苗，為基因工程製造而成，以期能避免舊型疫苗的疑慮。在台灣已進入最後階段的臨床試驗。

7. 流感疫苗
　流感疫苗是根據每年預測可能流行的菌株製備而成，因此每年均須施打才有足夠保護力。六歲以下的兒童倘若從未施打，則第一年需施打兩劑，間隔一個月，之後則每年施打一劑即可。

其他自費疫苗

1. 輪狀病毒疫苗
  輪狀病毒是造成嬰幼兒腸胃炎最主要的病源。因此目前的疫苗是針對常見的幾種流行株製備而成。在台灣主要有兩種疫苗，效果差異不大，副作用也不明顯，均須在六個月之內服用完畢。

2. 肺炎鏈球菌疫苗
　在嬰幼兒與兒童的細菌性呼吸道疾病中，肺炎鏈球菌扮演重要的角色，特別是造成肺炎、膿胸等嚴重疾病。舊型23價肺炎鏈球菌疫苗涵蓋的菌種較多，但抗體產生效果較差，只限兩歲以上的兒童使用。新型7價疫苗免疫效果佳、抗體持續較長，且兩個月以上的嬰幼兒即能施打，因此目前建議施打此疫苗。由於肺炎鏈球菌種類繁多，目前已逐漸出現非疫苗涵蓋範圍的菌株流行，因此許多藥廠正積極研發涵蓋範圍更廣的疫苗，預計今年年中會有新疫苗上市，可接續目前使用的7價疫苗。

3. A型肝炎病毒疫苗
　A型肝炎是造成猛爆性肝炎的危險因子之一。在偏遠地區或是中國大陸、東南亞等地區仍為A型肝炎盛行地區，因此若欲前往這些地區的民眾則建議提早施打。