蒙古和台灣雖無正式邦交，然自2002年中華民國政府重新承認蒙古國為獨立國家以來，透過烏蘭巴托台灣貿易中心及中華民國駐蒙古代表處，雙邊的經貿交流逐漸熱絡起來。
本院配合政府政策，促進國際合作，回饋國際社會，以醫學中心角色為醫療外交盡一份心意，乃積極與蒙古多家醫療院所建立合作關係。
本院與蒙古醫療院所的交流在去年尤為頻繁，2013年度共有13位蒙古醫事人員來本院見習，學員們分別來自蒙古最大的幾家醫院，見習單位包括婦產部、小兒部、心臟血管外科、麻醉部、及護理部等。
第三醫院的心臟中心主任2012年底透過衛福部台北醫院安排到台灣交流，特拜訪本院心臟中心，了解亞東心臟醫學的卓越表現，於2013年3月邀請朱樹勳院長及邱冠明副院長擔任同年6月20日至6月21日在蒙古Chinggis Khaan Hotel舉辦的2013 National Cardiovascular Conference研討會講員，演講主題為「心臟移植與微創手術」，但最後因評鑑緣故，僅由朱院長代表出席。在那次的蒙古之行，院長也拜訪了蒙古國多家醫院，並與四家醫院簽署合作備忘錄，其中三家為國家級醫院，分別為第一醫院、第一婦幼醫院及第三醫院，另一家為私立醫院Achtan Hospital。第一醫院主要特色在器官移植與一般外科，其中器官移植又以肝臟移植與腎臟移植為其強項。第一婦幼醫院是婦科為主，除治療疾病與生產外，也開始著手加強推廣婦幼保健知識。第三醫院以神經外科及心臟外科為主要特色。Achtan Hospital是蒙古國第一大私人醫療院所，神經外科為主要強項。
自簽署合作備忘錄後，雙邊便有更密切的合作，第三醫院的國際援助者盧森保基金會的法籍與比利時籍的心臟專科顧問特到本院實地考察，並後續薦送四位心臟中心人員來院見習，期待透過與本院的合作能共同提升蒙古醫療人員的心臟疾病治療能力。另外本院從9月開始執行長期醫療援助計畫，派遣婦產部醫師，分批前往蒙古第一婦產科醫院支援三個月。參與在這次醫療援外計畫的醫師共四位，分別為婦產部主任醫師杜方超、婦產部產科主任林顯明、婦產部病房主任吳文毅及婦產部專任主治醫師莊乙真醫師，實際援助內容包含手術指導及協助、臨床經驗交流、逐案病例討論、婦產科新知及學術交流，在援助作業中，也更深入了解不同醫療體系下的醫療照護，醫師們的醫術與努力也受到第一婦產科醫院員工一致的肯定與好評。
第一婦產科醫院院長 Dr. Dongdog Enhkhbayar夫婦率領醫院同仁共7人亦在12月25日來院回訪，當日除了參訪婦產部和新生兒科，並與朱院長、婦產部蕭聖謀主任、小兒部葉樹人主任、以及已返台的杜方超、林顯明、吳文毅醫師等人敘舊，共同享用晚餐，為兩院2013年豐碩的合作成果劃上美好的句點，目前雙方正在規畫下一階段的合作計畫。
展望2014年，將與蒙古各醫院展開更進一步的合作，透過長期援外計畫以及學員培訓，幫助蒙古醫院強化醫療品質，也藉此遠播亞東醫院的名聲，並透過個案轉介(如不孕症、心臟疾病等病患)讓更多蒙古病患知道台灣的高品質醫療服務，創造互惠雙贏的局面。
2013年6月24日盧森堡基金會顧問到本院實地考察
2013年12月25日第一婦產科醫院來院參訪
2013年6月21日與蒙古Natinal Cardiovascular Center簽立合作備忘錄
2013年11月29日來自Shastin Central Hospital的盧森堡計畫學員將蒙古Cardiovascular Center預備的禮物轉交給朱樹勳院長
2013年10月1日第一婦產科醫院學員準備給朱樹勳院長的禮物
2013年11月盧森堡計畫四位學員
2013年3月份第一婦產科醫院代訓學員與本院婦產部同仁
2013年10月份第一婦產科醫院學員與本院婦產部同仁餐敘活動
2013.年6月21日簽立合作備忘錄-
Dr. Baldandugar Zeeren, Vice, Director of the Achtan Hospital(右)與朱樹勳院長(左)
2013年12月25日蒙古第一婦產科醫院院長Dr. Dongdog Enhkhbaya(右)與朱樹勳院長(左)交換禮物