在現今忙碌的社會中，睡眠障礙是許多來到醫院的病人的主訴，或是伴隨的症狀之一。國內鎮靜安眠藥物的成長驚人，依據健保局的資料顯示，台灣人一年平均須用掉13億顆鎮靜安眠藥。使得近年頻頻對此類藥物做嚴格的控管，然而有睡眠障礙的病人，常常主要是因為有伴隨著相關的內科疾病，睡眠障礙的症狀，包括：倦怠、疲憊、昏昏欲睡等，往往只是其內科疾病的其中一部份，好比上呼吸道感染的病程中，不是只有呼吸道症狀。其他如消化系統，也有可能會被影響，而有腸胃道的症狀。在各科的門診或病房的環境下，若只單純的認為睡眠障礙就只是精神系統的問題，往往會遺漏掉其他的疾病，以下就各科常見和睡眠障礙共存的疾病作一簡介，因篇幅有限，心血管疾病和睡眠障礙的相關問題，不在本文討論的範圍。

胸腔方面
      慢性阻塞性肺疾病的病人中，其睡眠常是分散而片斷的，因咳嗽或喘，常使病人的睡眠中斷，另一重要的特徵是夜晚睡眠中的低血氧，有一些研究也指出慢性阻塞性肺疾病病人，同時伴隨有阻塞性睡眠呼吸中止症，這些因素皆會造成其睡眠受到影響。

      氣喘的病人，在睡眠時間典型的夜咳和喘鳴聲，這主要是因為氣喘的病人，代表反應其肺功能動態變化的尖峰流速，會在夜晚降到最低，而造成氣喘發作好發在睡眠時間。

腸胃方面
        一般正常人群中約有10%，在睡眠中會被胃食道逆流的症狀所困擾，其中包括：胸悶、消化不良、心灼熱、口中酸味感、咳嗽、噎到或窒息感。特別的是在一些氣喘的病人，也會有胃酸逆流的情形，而逆流至喉頭或下食道，會引發副交感神經興奮而刺激支氣管收縮，造成氣喘發作，一般在制酸劑的治療下會獲得改善，也有報告指出在制酸劑的治療下，其睡眠品質也同時看到進步。

腎臟方面
       在末期腎衰竭的病人中，許多的報告都指出，高達80%有睡眠障礙的問題，夜晚難以入睡、半夜醒來 、腿不寧或痙攣、白天欲睡。這些症狀與病人體內較高的副甲狀腺激素和透析時體內所釋放出的細胞激素有關。另外腿不寧症候群，常見於洗腎的病患，有統計達20%，不只是影響睡眠，有的病患在白天，也會因腿不寧的症狀，而無法坐著或躺著接受透析治療，而阻塞性睡眠呼吸中止症,也常見於腎衰竭的病人造成其睡眠障礙。

新陳代謝內分泌方面
       甲狀腺功能低下會造成而阻塞性睡眠呼吸中止症，二者臨床的症狀,常常很類似，因此在一些阻塞性睡眠呼吸中止症的病人，有懷疑甲狀腺功能低下的狀況下，如停經後的婦女、血脂肪過高等，應進一步檢驗其甲狀腺功能，治療上來講單單補充甲狀腺素，未必能完全改善阻塞性睡眠呼吸中止症，還是需要連續式正壓呼吸器輔助。

    　 肢端巨大症的病患，因其過量的生長激素會造成巨舌、軟腭增長、咽喉壁及聲帶增厚水腫、上頷骨和下頜骨增大。這些變化皆易造成上呼吸道在睡眠中的塌陷進而阻塞，統計有60％的肢端巨大症的病患，有睡眠呼吸中止症。約20-30%的糖尿病患者有睡眠障礙，有趣的是另外在許多大型研究中，過多（每天≧9小時）或過少（每天≦5小時）的睡眠時間，和糖尿病的發生有關。另外在代謝症候群：肥胖、高血壓、糖尿病、高血脂肪的病人身上，也常有阻塞性睡眠呼吸中止症。因此，也有認為阻塞性睡眠呼吸中止症，也是代謝症候群其中的一項臨床表現。

感染方面
      在之前的研究中，已觀察到急性感染的病人，會有睡眠增加及嗜睡的情形。一些發炎反應而釋放出的細胞激素，也會有催眠的效果，在ㄧ些由自願者參與的人體試驗中接受如：鼻病毒、流行感冒病毒的感染後，在一開始的病毒潛伏期，受試者有睡眠減少的情形，而到了有感染的症狀時，嚴重的疲憊和嗜睡就出現。這可以解釋我們在感冒時的成天昏昏欲睡，而未必是抗組織胺藥物的副作用所致。

       人類免疫缺陷病毒感染的病人身上，失眠、白天嗜睡、夜晚多次覺醒也是常見的症狀，有的研究甚至觀察到睡眠障礙的困擾程度，和其人類免疫缺陷病毒感染的嚴重度呈正相關。

腫瘤方面
      在接受治療的癌症病人，因腫瘤本身或藥物影響，在疲憊、腿不寧、失眠等各症狀相當常見。其中最常有睡眠相關障礙，屬肺癌和乳癌，這些症狀不但影響治療的進展，在精神方面很容易引起憂鬱症的產生，對病人和家人造成很大的困擾。因此在抗癌之外，對睡眠的改善和治療也要同步進行。