台灣自1968年開始公費施打日本腦炎疫苗，感染人數已大幅降低，但時至今日每年仍有零星個案。感染日本腦炎的患者大部分是沒有症狀的，少部分的病患會有頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者則會出現頭痛、高燒、痙攣、抽搐或昏迷。有些病患會出現嚴重神經性後遺症，這些後遺症包括：語言障礙與精神性障礙(以脾氣暴躁、性格反常為主) ，少數病患甚至因此死亡，死亡率高達30%。

       日本腦炎是由日本腦炎病毒所引起，目前仍為第三類法定傳染病。這種病毒是經由蚊子叮咬而傳播給人類。

接種日本腦炎疫苗是預防日本腦炎感染最有效的方法
       台灣主要的病媒蚊包括：三斑家蚊與環紋家蚊。在台灣，日本腦炎並未絕跡，且疫苗沒有群體免疫效果，另外日本腦炎非人傳人，也無群體免疫效果。此外對於日本腦炎目前仍未有特效治療方法，僅能針對症狀給予支持療法。防治日本腦炎的方法包括控制病媒蚊、減少蚊蟲叮咬、進行疫苗接種等，目前仍以接種日本腦炎疫苗是預防日本腦炎感染最有效的方法，平均而言，接受完整疫苗接種後，在10?內的疫苗效果可超過80％。如前所述，台灣自1968年開始全面接種日本腦炎鼠腦疫苗，這種疫苗為死菌疫苗(非活性疫苗)，主要運用感染鼠腦組織進行培養，共需接種4劑。世界上大部分的國家目前已經不再使用鼠腦疫苗，而且2015年，世界衛生組織(WHO)也認為相對於新型疫苗，鼠腦疫苗接種後的不良反應較多、製造程序未標準化、需要接種較多劑次等缺點，所以應該以其他新型疫苗取代傳統鼠腦疫苗。因此世界衛生組織在2015年的日本腦炎的預防建議中，認為活性減毒疫苗只需打一劑到兩劑，就可以達到良好的保護力，是比較有效率的防疫措施。

巴斯德細胞型日本腦炎活性減毒疫苗（IMOJEV，賽諾菲巴斯德）
       目前使用的鼠腦疫苗廠商已停產，待全部用完後，預計之後將由新型日本腦炎疫苗取代傳統鼠腦疫苗。台灣目前獲得藥證的是巴斯德細胞型日本腦炎活性減毒疫苗（IMOJEV，賽諾菲巴斯德），不含免疫佐劑。此疫苗在成年人接種一劑的效果很不錯，而且局部疼痛等等副作用都比死菌疫苗少。雖然是活性疫苗，但在動物身上不會繁殖，在蚊子體內也不會繁殖，是一個相當安全的疫苗。新型日本腦炎疫苗的引入，可提供孩童更完整持久的保護力，並減少副作用及降低接種後的不良反應。

小朋友該如何施打呢？
　   目前日本腦炎活性疫苗，只需要接種2劑。時程分別為1歲3個月時接種第一劑，再間隔至少12個月接種第二劑，之後便不必追加疫苗。本疫苗可與其他非活性疫苗，同時接種於不同部位，或間隔任何時間接種。若與麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、德國麻疹疫苗、水痘疫苗等活性減毒疫苗同時接種於不同部位，或間隔至少28天接種。至於二劑型新型日本腦炎疫苗與現有的四劑型公費日本腦炎疫苗如何銜接?兒科醫學會建議從未接種1劑疫苗者，滿1歲後接種第一劑，再間隔至少12?個月接種第二劑，其後不必再追加。曾經接種1劑疫苗者，視為未曾接種日本腦炎疫苗，與之前疫苗間隔14天以上接種1劑，間隔至少1年後再追加接種1劑，其後不必再追加。曾經接種2劑疫苗者：與最後一劑鼠腦疫苗間隔至少1年接種1劑，其後不必再追加。曾經接種3劑疫苗者，與最後一劑鼠腦疫苗間隔至少1年且5歲後追加接種1劑，其後不必再追加。

　　台灣身處於日本腦炎流行帶，近年來每年仍有約20至30位的日本腦炎確定病例，每年感染日本腦炎的個案中，約有9成為40-50歲的成年人，20歲以下所佔比率低於10%，推測可能與以往施打的疫苗保護力，每年逐漸消退有關，因此建議家長們除了帶小朋友施打疫苗時，也可以補打一劑日本腦炎疫苗，而且若居家環境附近有水稻田、養豬戶等高危險族群，更應記得補打日本腦炎疫苗。