亞東醫院小兒部自1981年5月亞東醫院成立後，即開始之相關業務醫療，同時設立新生兒加護病房，提供板橋及土城地區高危險群新生兒及早產兒醫療服務迄今，為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。
兒科初期以一般門診為主，逐漸成立各次專科診療，目前共有13個次專科，各次專科皆有一位或以上之專任主治醫師提供服務，自從2019年小兒血液腫瘤科余廷彥醫師到職後，本部開始建立兒童癌症相關業務治療，2020年1月份起開始診治兒童癌症病人，於兒童隔離病房進行化學治療，未來的目標是希望收治更多小兒血液腫瘤相關疾病病人，讓新北在地病人不再舟車勞頓跨區就醫，可安心於本院接受全面性的癌症治療照護，我們持續修訂治療準則並引進最新治療方式，提升癌症病人照護品質，發展兒童癌症安寧照護以及造血幹細胞移植的治療照護。2021年7月，腎臟科歐子瑄醫師到任，本部之後可施行嬰幼兒連續血液透析，讓本部在急重症照護上能為兒童提供更全面的服務。
目前小兒部轄下次專科設有小兒神經科、過敏免疫風濕科、小兒肝膽胃腸、新生兒科、小兒心臟、小兒遺傳內分泌、小兒感染、小兒血液腫瘤、小兒腎臟、小兒急診醫學科，病房設置嬰兒室25床及一般兒科病床55床，兒童暨新生兒加護病房12床、中重度嬰兒病房24床。
自1981年亞東醫院成立起，已設有新生兒加護病房，1999年成立新生兒科，並逐步加強新生兒加護病房儀器設備及招攬優秀人才，我們深耕板橋及土城地區，為高危險群新生兒及早產兒隨時提供緊急醫療服務，此時今日我們已成為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。
遺傳內分泌科：
於2009年設置，目前有兩位醫師看診，高銓宏醫師為本部第一位，專長為遺傳學、新陳代謝學與內分泌學的醫師，於台北榮民總醫院兒童醫學部接受兒科專科醫師訓練，訓練期滿進一步接受遺傳內分泌科次專科訓練，取得專科、次專科醫師資格，高醫師到亞東醫院服務後，旋即開始相關疾病的診斷與治療，看診內容包含遺傳性疾病(唐氏症、透納氏症，迪喬治症候群等)、新陳代謝疾病(新生兒篩檢異常、遺傳性高膽固醇血症等)、內分泌疾病(兒童第一型與第二型糖尿病、甲狀腺疾病，身材矮小、兒童性早熟等)。
高醫師於本科服務已經超過12年，致力於遺傳學與內分泌學的發展，期間於本部門診診斷罕見的吉特曼症候群與甲狀腺受體阻抗症候群，並進一步發表。目前亦於龍華科技大學擔任兼任講師。
李如浩醫師為本科第二位到職的醫師。李醫師於台大醫院實習、接受一般醫學訓練，並在台大兒童醫院小兒部接受專科與次專科訓練。訓練期滿後，取得專科與內分泌次專科的醫師資格，同時也取得中華民國內分泌暨糖尿病學會的專科醫師資格。李醫師看診內容包括兒童糖尿病、性早熟、青春期相關問題、身材矮小、性腺及性染色體異常疾患、甲狀腺及其他內分泌疾病。
李醫師於台大兒童內分泌科訓練期間，師承蔡文友教授、童怡靖醫師等內分泌科先進，當時便進行第一型糖尿病腎臟病生物標記研究，到職本部後，發表相關論文，目前於台大臨床醫學研究所進修。加入本院團隊後，李醫師積極發展糖尿病照護相關新科技，如連續血糖監測，希望糖尿病患者能有更好的血糖和生活品質。