亞東醫院小兒部自1981年5月亞東醫院成立後，即開始之相關業務醫療，同時設立新生兒加護病房，提供板橋及土城地區高危險群新生兒及早產兒醫療服務迄今，為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。
兒科初期以一般門診為主，逐漸成立各次專科診療，目前共有13個次專科，各次專科皆有一位或以上之專任主治醫師提供服務，自從2019年小兒血液腫瘤科余廷彥醫師到職後，本部開始建立兒童癌症相關業務治療，2020年1月份起開始診治兒童癌症病人，於兒童隔離病房進行化學治療，未來的目標是希望收治更多小兒血液腫瘤相關疾病病人，讓新北在地病人不再舟車勞頓跨區就醫，可安心於本院接受全面性的癌症治療照護，我們持續修訂治療準則並引進最新治療方式，提升癌症病人照護品質，發展兒童癌症安寧照護以及造血幹細胞移植的治療照護。2021年7月，腎臟科歐子瑄醫師到任，本部之後可施行嬰幼兒連續血液透析，讓本部在急重症照護上能為兒童提供更全面的服務。
目前小兒部轄下次專科設有小兒神經科、過敏免疫風濕科、小兒肝膽胃腸、新生兒科、小兒心臟、小兒遺傳內分泌、小兒感染、小兒血液腫瘤、小兒腎臟、小兒急診醫學科，病房設置嬰兒室25床及一般兒科病床55床，兒童暨新生兒加護病房12床、中重度嬰兒病房24床。
小兒神經科目前有梁昭鉉、楊明道醫師兩位專任主治醫師，張文誠醫師一位兼任主治醫師。三位醫師皆是在台大醫院小兒神經科接受完整之次專科訓練後先後來到亞東醫院服務。梁昭鉉醫師專長為小兒神經疾病基因研究及兒童發展，於民國97年到日本東京女子醫大山本俊至(Toshiyuki Yamamoto)教授實驗室學習，同時接受大澤真木子教授臨床指導，獲得博士學位。梁醫師並且於民國102年於亞東醫院成立以兒童神經為基礎之獨立兒童發展聯評中心，讓兒童發展遲緩與早期療育進入以病因為導向之治療模式，提供遲緩兒童更精準細緻之療育，也因基因檢測之導入，讓癲癇病童能獲得更有效的藥物治療與預後評估。其所建立之兒童發展中心連續多年獲得國家品質獎之認證與肯定。民國97年由梁昭鉉醫師自台北慈濟醫院延攬楊明道醫師加入亞東醫院小兒神經科。楊明道醫師於臨床工作之中，就讀台大醫學院藥理研究所博士班，接受符文美教授指導下從事神經認知藥理研究，於民國104年以注意力不足過動症相關動物和臨床研究取得藥理博士；隔年民國105年於亞東醫院資助下前往美國波士頓兒童醫院，同時接受Phillip Pearl教授指導兒童癲癇和Judith Owens教授指導兒童睡眠之見習訓練；回國後隔年民國106年更進一步於台大醫院睡眠中心接受李佩玲主任完整訓練，於民國108年通過睡眠專科考試、取得睡眠專科醫師證照。楊醫師依此訓練背景，持續拓展小兒神經和兒童睡眠相關檢查及臨床服務，目前亞東小兒神經科已有結合攝影長時間腦波監測、神經傳導、肌電圖、誘發電位、腕動計、睡眠多重生理檢查儀、居家型睡眠多重生理檢查儀。亞東醫院小兒神經科希望在過去之基礎上，致力發展癲癇腦病變之基因檢測與精準治療、提升兒童發展遲緩兒童之病因診斷與全人照護、兒童睡眠疾病檢查與治療，期許未來能有更多新血加入亞東醫院小兒神經科，讓小兒神經及兒童睡眠病人獲得更好的照護。