亞東醫院小兒部自1981年5月亞東醫院成立後，即開始之相關業務醫療，同時設立新生兒加護病房，提供板橋及土城地區高危險群新生兒及早產兒醫療服務迄今，為國內醫學中心頂尖的新生兒醫療服務單位。

兒科初期以一般門診為主，逐漸成立各次專科診療，目前共有13個次專科，各次專科皆有一位或以上之專任主治醫師提供服務，自從2019年小兒血液腫瘤科余廷彥醫師到職後，本部開始建立兒童癌症相關業務治療，2020年1月份起開始診治兒童癌症病人，於兒童隔離病房進行化學治療，未來的目標是希望收治更多小兒血液腫瘤相關疾病病人，讓新北在地病人不再舟車勞頓跨區就醫，可安心於本院接受全面性的癌症治療照護，我們持續修訂治療準則並引進最新治療方式，提升癌症病人照護品質，發展兒童癌症安寧照護以及造血幹細胞移植的治療照護。2021年7月，腎臟科歐子瑄醫師到任，本部之後可施行嬰幼兒連續血液透析，讓本部在急重症照護上能為兒童提供更全面的服務。

目前小兒部轄下次專科設有小兒神經科、過敏免疫風濕科、小兒肝膽胃腸、新生兒科、小兒心臟、小兒遺傳內分泌、小兒感染、小兒血液腫瘤、小兒腎臟、小兒急診醫學科，病房設置嬰兒室25床及一般兒科病床55床，兒童暨新生兒加護病房12床、中重度嬰兒病房24床。