本科自亞東紀念醫院創辦即開始作業，提供有關大腸、直腸及肛門疾病之門診診療手術及住院診療等服務。現有主任醫師一名、主任級主治醫師一名、主治醫師四名、及專科護理師一名。
因人類直立的姿勢和肛門直腸的靜脈壓力所引起之痔瘡，為現今許多人有口難言之隱疾；直腸外科對於痔瘡、肛門廔管、肛裂、坐骨直腸窩膿瘍、結腸息肉、憩室、大腸直腸癌、各式腫瘤或大腸、直腸之外傷等，均能施予具專業手術以解決或改善病患之痛苦及困擾。亞東紀念醫院大腸直腸外科將竭盡全力為病患服務，以期達成全民醫療之目標。
(2025/7/14修正)
本科自亞東紀念醫院創辦即存在，為外科部中一歷史悠久之分科。四十多年來，歷經多位主任，目前可考究的為上一世紀末的王得光主任，及本世紀初接任科主任的曾立銘主任。自臺大醫院退休的王世名教授，亦曾來亞東醫院任職並擔任本科的資深指導醫師。2006年亞東醫院通過評鑑，成為新北市唯一的醫學中心；本科業績亦是蒸蒸日上，成為新北市大腸直腸疾病治療的重鎮。創傷科主任林恆甫醫師亦隨後加入本科成為兼任主治醫師，亦為本院大腸直腸手術的一大戰力。2010年王世名教授離職，林耿立醫師加入本科，替科內添加年輕的力量。2014年8月凌茂盛醫師加入本科，成為本科的第一名駐科住院醫師；凌茂盛醫師並在台大醫院代訓完畢後，於2017年3月成為本科的第三位主治醫師。COVID-19疫情期間，本科也加入檢疫和協助醫院治療COVID-19的行列。2022年9月官泰全醫師加入，成為本科的第四位主治醫師。而本科也在2023年通過住院醫師訓練評鑑，成為全國二十二間訓練中心之一；吳蒨醫師成為本科第一位自訓的專科醫師，並於2024年10月通過專科醫師考試並升任主治醫師。2025年2月因為張智閑醫師的加入，本科在2025年起獲得兩名住院醫師的訓練資格。2025年7月，由於勞苦功高的曾主任已完成階段性的任務，改由林耿立醫師接任科主任；亞東醫院大腸直腸外科將持續發展，並開展全新的時代。
(2025/7/15修正)